In de bio-informatica is een puntplot een grafische methode waarmee twee biologische sequenties kunnen worden vergeleken en gebieden kunnen worden geïdentificeerd die sterk op elkaar lijken. Het is een soort herhaling.
commentaar tekst
de datum
Een manier om de gelijkenis tussen twee eiwit- of DNA-sequenties te visualiseren, is door een gelijkenismatrix te gebruiken, ook wel een dot plot genoemd. Deze werden geïntroduceerd door Gibbs en McIntyre in de jaren 1970 en zijn tweedimensionale reeksen met opeenvolgingen van eiwitten die langs de verticale en horizontale as worden vergeleken. Voor een eenvoudige visuele weergave van de gelijkenis tussen twee sequenties, kunnen individuele cellen in de matrix zwart worden gearceerd als de residuen identiek zijn, zodat overeenkomende sequentiesegmenten verschijnen als diagonale lijnen over de matrix.
interpretatie
n3 punt van een geplande route?
Een idee van de overeenkomst in de twee reeksen kan worden ontleend aan het aantal en de lengte van de overeenkomstige segmenten die in de matrix worden weergegeven. Het is duidelijk dat de identieke eiwitten een diagonale lijn in het midden van de matrix hebben. Insertie en deletie tussen sequenties veroorzaken verstoringen in deze diameter. Gebieden met lokale gelijkenis of herhaalde reeksen leiden tot meer diagonale overeenkomsten en meer diagonale overeenkomsten. Een manier om dit geluid te verminderen, is door bijvoorbeeld een ren te verduisteren of afval te “tobblen”. (3) komt overeen met drie residuen op een rij. Dit is effectief omdat de kans dat drie residuen op een rij door toeval overeenkomen veel lager is dan overeenkomsten met één residu. In figuur 3.3h,c is te zien dat het aantal diagonale runs in de matrix aanzienlijk is verminderd door te zoeken naar 2-buizen of 3-buizen.
n3 punt van een geplande route?
Puntplots van de twee reeksen worden vergeleken door één reeks op de x-as en de andere op de y-as van de grafiek te ordenen. Wanneer de residuen van elke reeks samenvallen op dezelfde locatie op de grafiek, wordt een punt uitgezet op de overeenkomstige positie. Merk op dat reeksen achteruit of vooruit kunnen worden geschreven, maar reeksen moeten op beide assen in dezelfde richting worden geschreven. Merk ook op dat de richting van de reeksen op de assen de richting van de lijn op de puntengrafiek zal bepalen. Zodra de stippen zijn getekend, zullen ze zich combineren om lijnen te vormen. De affiniteit van sequentie-overeenkomst zal bepalen hoe dicht de diagonale lijn is bij wat de curvegrafiek laat zien, wat een directe relatie aangeeft. Deze relatie wordt beïnvloed door enkele kenmerken van de reeks, zoals frameverschuivingen, directe herhalingen en omgekeerde herhalingen. Frame-overgangen omvatten inserties, deleties en mutaties. De aanwezigheid van een van deze kenmerken, of de aanwezigheid van meerdere kenmerken, zorgt ervoor dat er meerdere lijnen in mogelijk verschillende configuraties worden getekend, afhankelijk van de kenmerken in de reeks. Een kenmerk dat een heel ander resultaat op een puntenplot zal veroorzaken, is de aanwezigheid van regio’s/regio’s met een lage complexiteit. Regio’s met een lage complexiteit zijn regio’s in een reeks met slechts een paar aminozuren, die op hun beurt redundantie veroorzaken binnen die kleine of beperkte regio. Deze gebieden bevinden zich meestal rond de diagonaal en hebben mogelijk geen vierkant in het midden van de puntenplot.